A organização da atenção às condições crônicas é um dos maiores desafios dos serviços de saúde atualmente. Após a transição epidemiológica, a perspectiva de atenção a doenças agudas se tornou incompatível com o predomínio das Doenças Crônicas Não Transmissíveis. Faz-se necessário, portanto, uma assistência a saúde integrada e programada, com foco especial nas condições crônicas. Este trabalho tem por objetivo a elaboração de ferramentas (protocolos) que subsidiem o processo de trabalho, permitindo uma assistência efetiva às principais condições crônicas de saúde (hipertensão, diabetes, doenças respiratórias crônicas, pré-natal, puericultura e avaliação periódica de saúde). Além disso, foram elaborados protocolos de organização do serviço para organizar os fluxos e evitar problemas costumeiros nas Unidades Básicas de Saúde (acolhimento, marcação de exames e transporte de pacientes). Para a elaboração dos referidos protocolos, foram consultadas as diretrizes clínicas atuais sobre as condições crônicas selecionadas, com elaboração de algoritmos lógicos e objetivos com os principais passos da assistência à saúde. Desse modo, os protocolos assistenciais e de organização do serviço servirão como uma linha guia para os profissionais da Estratégia de Saúde da Família, reforçando passos fundamentais na assistência às condições crônicas de saúde, permitindo uma atenção programada e multidisciplinar, além de servir como uma ferramenta garantidora de autonomia dos profissionais de saúde.