[Objetivo] Analisar o uso do Sistema de Informações Hospitalares do Sistema Único de Saúde (SIH/SUS) no ajuste de risco das taxas de mortalidade hospitalar e avaliar a utilidade do índice de comorbidade de Charlson (ICC) no ajuste de risco de indicadores de desempenho. [Metodos] Foram selecionadas 40.299 internações ocorridas no Município do Rio de Janeiro entre dezembro de 1994 e dezembro de 1996. A medida de gravidade foi testada pelo ICC, que atribui pesos a 17 condições clínicas presentes nos diagnósticos secundários a fim de obter a carga de morbidade do paciente (gravidade) independentemente do diagnóstico principal. Utilizou-se a regressão logística para avaliar o impacto na estimativa da chance de morrer no hospital. [Resultados] Nas internações selecionadas, observou-se que o ICC foi igual ou superior a um em apenas 5,7% dos casos. Quando se aplicou o ICC combinado à idade, o percentual de casos com pontuação diferente de zero aumentou substancialmente. Os modelos testados apresentaram reduzida sensibilidade [Conclusões] Apesar de a presença de comorbidade ser importante na predição do risco de morrer, essa variável pouco discriminou a gravidade dos casos na base de dados do SIH/SUS, o que é explicado pela qualidade da informação diagnóstica nessa base de dados, na qual a idade é o preditor mais importante do risco de morrer, afora o diagnóstico principal. Apesar das limitações ainda existentes na qualidade da informação diagnóstica disponível no SIH/SUS, sugere-se o uso do ICC combinado como medida para ajuste do risco de morrer nas taxas calculadas a partir desses dados.