Este artigo discute a Politica Nacional de Saude Indigena, formulada na decada de 90 como parte da reforma sanitaria brasileira, tendo como marco a criacao, em 1999, do Subsistema de Atencao a Saude Indigena. Coordenado pelo nivel central, sob gestao da Fundacao Nacional de saude/Ministerio da Saude, a implementacao desse subsistema exigiu adaptacoes na organizacao dos sistemas de servicos de saude em nivel local, formulando-se os Distritos Sanitarios Especiais Indigenas. Essa conformacao evidenciou a necessidade de interlocucao e negociacao entre as diversas instituicoes vinculadas a questao indigena, na perspectiva de superar conflitos de multipla natureza e dificuldades operacionais. A analise realizada neste trabalho aponta as dificuldades de implementacao de uma politica de saude indigena diferenciada, sob a resposabilidade federal, no ambito do SUS descentralizado, pois a ausencia de mecanismos e instrumentos especificos que regulamentem a operacionalizacao desses servicos em nivel local, assim como a falta de supervisao mais efetiva e avaliacao permanente de resultados da implementacao dessa politica, fazem com que a atencao diferenciada a populacao indigena esteja submetida as vicissitudes ou virtudes da politica local