O presente artigo trata da metodologia de trabalhos cientificos em saude nos quais o pesquisador e parte importante do objetivo de investigacao. A concretizacao de uma reforma sanitaria neste pais depende do envolvimento e compromisso dos usuarios na garantia dos seus direitos. Muitas experiencias com essa preocupacao vem acontecendo no Brasil. Entretanto, nao ha uma metodologia pre-definida que trate das relacoes entre trabalhos instituicionais em saude e o Movimento Social. Assim, o trabalho tem por objetivo contribuir para a discussao de possivels caminhos para a abordagem dos mecanismos internos envolvidos nas relacoes saude/usuarios, com vistas a colaborar com o processo de desenvolvimento de cidadanias. Ele se realiza a partir de uma pesquisa teorica sobre metodologia participante e pesquisa-acao, em que tomam importancia: a definicao do carater do objetivo; o posicionamento pessoal; a explicitacao de subjetividades; levantamento documental e entrevistas para um estudo de caso; e terono as teorias. Finalmente, conclui-se que esta metodologia permite compreender alguns mecanismos que explicam as relacoes entre analises macro e microestruturais, alem do amadurecimento dos agentes de pesquisa.