Objetivos: Determinar a prevalência e investigar fatores associados à ocorrência de anemia entre menores de seis anos de idade atendidos pela Pastoral da Criança em Pelotas, RS. Métodos: Na fase de rastreamento de uma intervenção nutricional, as crianças foram avaliadas através de estudo transversal. No domicílio, após consentimento informado, a mãe foi entrevistada, sendo coletadas informações sobre características demográficas e socioecnomômicas da família, saúde da criança, características ao nascer, amamentação e freq¨ência semanal de consumo de alimentos. As crianças foram pesadas e medidas. Foi coletada uma amostra de sangue capilar da polpa digital em microcuveta e a leitura de concentração de hemoglobina foi feita em fotômetro portátil (Hemocue). Considerou-se como tendo anemia quando a concentração de hemoglobina era inferior a 11g/dl. Por se tratar de desfecho frequente, a associação com as variáveis independetes foi analisada por regressão de Poisson. A análise obedeceu a modelo hierárquico previamente definido. Resultados: Foram identificadas 362 crianças menores de seis anos, sendo a hemoglobina dosada em 304 (84,0%) delas. A prevalência de anemia foi de 53,0% (IC95% 47,2% - 58,7%). Os fatores de risco foram a menor idade da criança, cor não branca, presença de família numerosa e classe social E (em comparação à D). A disponibilidade de água encanada dentro de casa e o maior peso ao nascer mostraram-se fatores protetores. Conclusões: os achados deste estudo mostraram uma alta prevalência de anemia entre as crianças alvo da ação da Pastoral da Criança, bem como a presença de diversos fatores de risco e poucos fatores de proteção, o que mostra a necessidade de intervenções preventivas.