Um problema dos delineamentos ecológicos é o viés de agregação. Uma alternativa é selecionar estruturas contextuais de menor tamanho e maior homogeneidade interna. Nós comparamos diferentes estruturas geográficas de dados, com a finalidade de estimar efeitos de variáveis sócio-econômicas contextuais na chance de saúde bucal percebida ruim. As análises foram baseadas em um delineamento misto, que compreendeu os participantes dos censos Pró-Saúde I e II, residentes no Município do Rio de Janeiro, Brasil, em 1999 (n = 2.426). Os indicadores do contexto de residência dos participantes foram extraídos do Censo Demográfico da Unidade Federativa do Rio de Janeiro de 1991. Em estudos epidemiológicos com estruturas hierárquicas de dados e desfechos categóricos, a utilização do coeficiente de partição de variância permite analisar a origem da variabilidade do desfecho em relação aos níveis hierárquicos. Neste estudo, a partição geográfica de menor tamanho (setor censitário) foi a melhor unidade contextual de análise p ra explicar a variabilidade da saúde bucal percebida. Atributos sócio-econômicos individuais revelaram maior poder explicativo para a variação na saúde bucal percebida do que os contextos sócio-econômicos das áreas de residência.